Nel Terziario, le Alpi, come i Pirenei e gli Appennini, erano ancora basse montagne coperte di boschi, e l'uniformità dell'ambiente rendeva facili e frequenti gli scambi genetici tra le popolazioni di una stessa specie: per questo motivo esistono tuttora specie di antica origine presenti contemporaneamente nelle Alpi, nei Pirenei e negli Appennini.
In seguito, l'orogenesi portò ad una sempre più accentuata separazione dei diversi sistemi montuosi favorendo la differenziazione genetica. E' per questo motivo che molto frequentemente, invece di una stessa specie, si trovano su catene montuose diverse le specie "vicarianti" di una stessa pianta.
Per esempio, le piante Thlaspi rotundifolium, Pedicularis gyroflexa e Potentilla nitida presenti sulle Alpi, corrispondono alle piante Thlaspi stylosum, Pedicularis elegans e Potentilla apennina presenti nell'Appennino centrale.
Alla fine del Miocene, il Mediterraneo subì un considerevole disseccamento e si ridusse a un complesso di lagune: questo periodo favorì la migrazione di una flora di tipo steppico proveniente dall'Asia occidentale e dall'Africa.
L'orogenesi delle Alpi all'inizio del Pliocene (13 milioni di anni fa) portò al raggiungimento di altitudini maggiori di quelle attuali, e a questo periodo risale la maggior parte delle piante delle montagne più elevate, per esempio le genziane della sezione Cyclostigma, la Primula auricula, e le saxifraghe Kabschia.
Alla fine del Terziario (2 milioni di anni fa), quando la differenziazione della flora montana era già molto avanzata, il progressivo raffreddamento del clima culminò nella grande crisi del Pleistocene, caratterizzato da una serie di periodi freddi (glaciazioni), alternati a periodi più caldi (interglaciali). Le glaciazioni in Europa sono state sei, di cui le ultime quattro furono:

- Glaciazione di Gunz (600-550 mila anni fa)
- Glaciazione di Mindel (480-430 mila anni fa)
- Glaciazione di Riss (240-180 mila anni fa)
- Glaciazione di Wurm (120-10 mila anni fa)

La massima glaciazione fu quella di Mindel, quando le Alpi furono ricoperte da una calotta simile a quella dell'attuale Groenlandia, dalla quale emergevano come isole nel grande mare di ghiaccio solo le cime più alte. Queste isole rappresentavano gli unici siti disponibili per le piante, e un motivo di differenziamento di nuove entità vegetali. Meno estese furono le due glaciazioni successive: solo queste hanno però lasciato tracce evidenti sulle Alpi. Per esempio, nella valle Ellero, sono molto evidenti la pera riunda e le rocce montonate a valle del Ponte Murato e le morene glaciali nell'alta valle.
I principali effetti delle glaciazioni sulla flora montana furono:

- distruzione di quasi tutte le specie tropicali e sub-tropicali
- ritirata delle specie montane a sud delle Alpi, o in qualche "isola" locale sul ghiacciaio.
- frammentazione dell'areale di molte specie.
- migrazione a sud di specie artiche, anche fino all'Appennino centrale, e scambio di specie tra la flora montana centro-europea e la flora artica.
- discesa di alcune piante della fascia alpina sino a fasce più basse, dove alcune si sono mantenute come "relitti glaciali", per esempio la Gentiana verna e la Primula farinosa.

Il periodo post-glaciale, che stiamo ancora vivendo, è anch'esso ricco di mutamenti climatici: un periodo più caldo dell'attuale si è verificato dal 600 al 400 a. C., e in questo periodo il limite superiore delle foreste si innalzò a quote molto più elevate di quelle attuali. Un periodo freddo si ebbe poi dal 1600 al 1800, il cosiddetto "Piccolo Glaciale".
E' stato calcolato che, anche in presenza di una forte selezione dell'ambiente, come è il caso delle alte montagne, la formazione di una nuova specie richiede da 50 mila a 1 milione di anni. La possibilità da parte dell'uomo di interferire con questi fenomeni, mediante la distruzione degli habitat e delle popolazioni di piante, è quindi molto allarmante, data la naturale lentezza dei fenomeni biologici evolutivi.
E' principalmente per questo motivo che la maggior parte dei fiori di montagna sono protetti, e ne è vietata la raccolta o il solo danneggiamento della pianta.

http://www.ars2000.it/fiori.htm